Algorithmen der Sequenzanalyse

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Algorithms in Sequence Analysis 12 – Species trees and gene trees

  • Untertitel   Evolution of species and their genes, Reconstruction of evolutionary history, Evolutionary relationship of genes and gene products, Orthology prediction, InParanoid, Extending orthology predictions to more than two species: COGs, OrthoMCL, OMA
  • Sprecher   Prof. Dr. Ingo Ebersberger
  • Ort   Biologicum - Bio 3.201
  • Datum   17.07.2014 @ 09:21

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Algorithms in Sequence Analysis 11 – Phylogeny Reconstruction Part 2

  • Untertitel   Resampling methods for assessing the support of a tree given the data, Rapid Bootstrapping – Tree rearrangements in RAxML, Inference of the ML tree, Speed-up of the Rapid Bootstrap Method, Modeling rate across sites
  • Sprecher   Prof. Dr. Ingo Ebersberger
  • Ort   Biologicum - Bio 3.201
  • Datum   10.07.2014 @ 09:22

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Algorithms in Sequence Analysis 9 – Trees (Phylogenies)

  • Untertitel   Application of Phylogenetics, Tree evaluation methods, Typical clustering algorithms: (UPGMA, Ultrametric inequality, Neighbour Joining Algorithm), Likelihood-based tree reconstruction, Building and evaluating a tree, Finding the best tree
  • Sprecher   Prof. Dr. Ingo Ebersberger
  • Ort   Biologicum - Bio 3.201
  • Datum   03.07.2014 @ 09:19
  • Beschreibung   Wg. eines technischen Problems hat das Video heute ca. 15 min. vor Schluss eine kurze Lücke und die Folien sind danach verschoben, sorry!

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Algorithms in Sequence Analysis 8 – Emission probabilities and Dirichlet densities

  • Sprecher   Prof. Dr. Ingo Ebersberger
  • Ort   Biologicum - Bio 3.201
  • Datum   27.06.2014 @ 13:52

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Algorithms in Sequence Analysis 8 – Multiple Sequence Alignments

  • Untertitel   Markov chains, The Viterbi algorithm, The Forward algorithm,
  • Sprecher   Prof. Dr. Ingo Ebersberger
  • Ort   Biologicum - Bio 3.201
  • Datum   26.06.2014 @ 09:15

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Die heutige Vorlesung ist ausgefallen!

  • Sprecher   Prof. Dr. Ingo Ebersberger
  • Ort   Biologicum - Bio 3.201
  • Datum   12.06.2014 @ 09:15

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Algorithms in Sequence Analysis 7 – Sequence alignment

  • Untertitel   Biologically / Mathematically Optimal Alignment, Smith-Waterman-, Needleman-Wunsch algorithm, PAM, BLOSUM, Multiple sequence alignments, Sequence weights, ClustalW, Progressive alignment strategy, Stochastic iterative alignment (MUSCLE), T-COFFEE
  • Sprecher   Prof. Dr. Ingo Ebersberger
  • Ort   Biologicum - Bio 3.201
  • Datum   05.06.2014 @ 09:19

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Algorithms in Sequence Analysis 5 – Reference based sequence mapping

  • Untertitel   Short Read Application & Alignment, Indexing, Hash tables, MAQ, SAM/BAM format* & SAMtools, Burrows-Wheeler Transform, Coping with mismatches, Bowtie
  • Sprecher   Prof. Dr. Ingo Ebersberger
  • Ort   Biologicum - Bio 3.201
  • Datum   22.05.2014 @ 09:15

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Algorithms in Sequence Analysis 4 – The assembly problem

  • Untertitel   Velvet: Graph construction, error removal, removal of tips/bubbles, chimera problem, problem with repeats, repeat types, Breadcrumb algorithm
  • Sprecher   Prof. Dr. Ingo Ebersberger
  • Ort   Biologicum - Bio 3.201
  • Datum   15.05.2014 @ 09:15

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Algorithms in Sequence Analysis 3 – Teil 2

  • Untertitel   De-Novo Sequence Assembly, Overlapping Reads and Repeats, Derive Consensus Sequence, Shortest Superstring Problem, Eulerian Cycle Problem
  • Sprecher   Prof. Dr. Ingo Ebersberger
  • Ort   Biologicum - Bio 3.201
  • Datum   08.05.2014 @ 09:15
  • Beschreibung   Aus technischen Gründen musste die heutige Vorlesung leider in zwei Teilen aufgezeichnet werden. Wir bitten um Entschuldigung!

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Algorithms in Sequence Analysis 3 – Teil 1

  • Untertitel   Coverage, N50-size, Contig lenght distribution, Overlap-Layout-Consensus
  • Sprecher   Prof. Dr. Ingo Ebersberger
  • Ort   Biologicum - Bio 3.201
  • Datum   08.05.2014 @ 09:15
  • Beschreibung   Aus technischen Gründen musste die heutige Vorlesung leider in zwei Teilen aufgezeichnet werden. Wir bitten um Entschuldigung!

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Algorithms in Sequence Analysis 2 – High throughput DNA sequencing methods

  • Untertitel   Illumina sequence library generation & sequencing technology, Modeling sequence evolution
  • Sprecher   Prof. Dr. Ingo Ebersberger
  • Ort   Biologicum - Bio 3.201
  • Datum   24.04.2014 @ 09:15

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Algorithms in Sequence Analysis 1 – Introduction

  • Untertitel   Informationsfluss in der Zelle, DNA-Replikation, Prinzipien der DNA Synthese, Sequenzassembler
  • Sprecher   Prof. Dr. Ingo Ebersberger
  • Ort   Biologicum - Bio 3.201
  • Datum   17.04.2014 @ 09:15