Untertitel Stabilität und Vergleich von Bäumen, Resampling: Jackknife / Bootstrap, Kompatibilität von Splits, Konsensus-Baum, hylogenetische Netzwerke, Datenformate (Newick), Spezies-Bäume und Gen/Sequenz-Bäume, Orthologievorhersage
Sprecher Prof. Dr. Ingo Ebersberger
Ort Biologicum - Bio -1.203 (Hörsaal 2)
Datum 17.07.2019 @ 15:15
Beschreibung HINWEIS: Repetitorium am 6.8., 10 Uhr! Bitte an Doodle-Umfrage teilnehmen!
Phylogenie-Rekonstruktion (Wann ist ein Baum ein 'guter' Baum?)
Untertitel Die ultrametrische Ungleichung, The Neighbour Joining Algorithmus, Vierpunkt-Bedingung, Charaktere, Prinzip der Maximalen Sparsamkeit (Maximum Parsimony), Sequenzevolutionsmodelle, Tree likelihoods, Der Maximum Likelihood Baum
Sprecher Prof. Dr. Ingo Ebersberger
Ort Biologicum - Bio -1.203 (Hörsaal 2)
Datum 10.07.2019 @ 15:15
Cluster-Verfahren und Bäume
Untertitel Plan7 pHMMs, pHMMs in Pfam, Bäume: verdeutlichen Hypothesen / sind Sonderform von Graphen, phylogenetische Bäume, Entitäten entlang eines Baumes evolviert, Notationen für Bäume, Ungewurzelte Bäume, Rekonstruktion der Aufspaltungs-Reihenfolge, ...
Sprecher Prof. Dr. Ingo Ebersberger
Ort Biologicum - Bio -1.203 (Hörsaal 2)
Datum 03.07.2019 @ 15:15
Beschreibung , ...Verwendung von Distanzen zur (phylogenetischen) Baum-Rekonstruktion, Hierarchische Clusteranalyse: Fusionierungs-Algorithmen, Distanz-basiertes Clustering, UPGMA
(Profil) Hidden Markov Modelle
Untertitel Formale Beschreibung von Übergangs- und Emissionswahrscheinlichkeiten, Rekonstruktion des Zustandspfads, Viterbi-Algorithmus: Rekursion / Termination / Backtracking, Posterior state probabilities, Forward / Backward Algorithmus, Pfam Datenbank, ...
Sprecher Prof. Dr. Ingo Ebersberger
Ort Biologicum - Bio -1.203 (Hörsaal 2)
Datum 26.06.2019 @ 15:15
Beschreibung ..., Match-Zustände, Modellierung Längenvariation in Sequenzen, Generelle Struktur eines pHMMs
Markov Ketten und Hidden Markov Modelle
Untertitel Modellierung von DNA- und Proteinsequenzen – Der Würfel; Bedingte, gemeinsame und Rand-Wahrscheinlichkeiten; A posteriori Wahrscheinlichkeiten und der Satz von Bayes; Modellierung von DNA-Sequenzen mittels Markov-Ketten; Anwendung von Markov- Ketten...
Sprecher Prof. Dr. Ingo Ebersberger
Ort Biologicum - Bio -1.203 (Hörsaal 2)
Datum 19.06.2019 @ 15:15
Beschreibung ... in der Sequenz-Klassifizierung / bei der Suche nach CpG Islands; Generierung von Plus- und Minus-Modellen; Lösung: Hidden Markov Modelle
MSA – Part 2 & Profile, Logos und Modelle
Untertitel ClustalW, Progressive Alignment: Once a gap always a gap, Iterative Strategien, Stochastisch iteratives Alignment (Genetischer Algorithmus), Unterschiedliche Programme: unterschiedliche Alignments, Heads or tails, Modellierung funktioneller Einheiten, ...
Datenbank-Suchheuristiken und Multiples Sequenzalignment
Untertitel Datenbank-Suche; Heuristik; Suche nach ähnlichen Sequenzen; Bsp. BLAST: Konzept / Sensitivität / Blast bei NCBI / Beispiel-Suche / Ergebnis ist nicht statisch / Beschreibung der Hits / Ergebnis: Übersicht in Distanzbaum, Alignment; E-value; Lotterie-Bsp,
Sprecher Prof. Dr. Ingo Ebersberger
Ort Biologicum - Bio -1.203 (Hörsaal 2)
Datum 05.06.2019 @ 15:00
Beschreibung , ...NCBI BLAST Familie: unterschiedliche Algorithmen für unterschiedliche Sequenztypen, Alignment von n Sequenzen, Sum Of Pairs Score, Sequenzgewichte, Progressives Alignment, Guide tree, Baumrekonstruktion
Bewertung von Ähnlichkeiten und Suchheuristiken
Untertitel Bewertungsschemata für Substitutionen, Bewertung von Aminosäure-Ähnlichkeiten, Bewertung von Substitutionen mit Hilfe der PAM Matrix, PAM Scoring-Matrix, PAM Übergangswahrscheinlichkeits-Matrix: 'relative Mutabilität' / 'Effektive Häufigkeit' /...
Sprecher Prof. Dr. Ingo Ebersberger
Ort Biologicum - Bio -1.203 (Hörsaal 2)
Datum 29.05.2019 @ 15:00
Beschreibung .../ Mutationswahrscheinlichkeitsmatrix, Generierung der PAM Scoring-Matrizen, PAM Scoring-Matrizen für die Evaluierung von paarweisen Alignments, BLOcks SUbstitution Matrices (BLOSUM), Sequenzdatenbanken, Hash-Tabellen beschleunigen Suche
Paarweises Sequenzalignment
Untertitel Die Zeit-abhängige Veränderung von DNA Sequenzen, Evolutionäre Geschichte zweier verwandter DNA Sequenzen, Levenshtein-Distanz, Analyse mittels Dot Plots, Effekt des Filterns, Bsp.: Ähnlichkeit der X Chromosomen von Mensch und Maus, Suche nach der ...,
Sprecher Prof. Dr. Ingo Ebersberger
Ort Biologicum - Bio -1.203 (Hörsaal 2)
Datum 22.05.2019 @ 15:00
Beschreibung , ...homologen Position / dem besten Sequenzalignment, Bewertung paarweiser Sequenzalignments, Lösung: Dynamische Programmierung, Needleman-Wunsch Algorithmus, Grenzen des globalen Sequenz-Alignments, Lokales Sequenzalignment nach Smith-Waterman, Elegantere Scoring-Funktionen, Gap-Kosten
Pattern matching
Untertitel Motivation, Sequenzierung eines ganzen Genoms, Exakte Mustersuche, Wie kann man die Geschwindigkeit der Suche erhöhen?, 'hashing' in der exakten Mustersuche (Rabin-Karp; 0(n+m)), Mustersuche mittels Hash-Tabellen, Suffix-Bäume
Sprecher Prof. Dr. Ingo Ebersberger
Ort Biologicum - Bio -1.203 (Hörsaal 2)
Datum 15.05.2019 @ 15:00
Modellierung von Sequenzevolution
Untertitel Sequenzevolution, Evolution von DNA, Neutrale Theorie der Molekularen Evolution, Modellierung zeitabhängiger Sequenzveränderung, Hamming Distanz, Erwartung, Evolution: Fehler während der DNA Replikation, Poisson-Verteilung, Exponentialverteilung, ...
Sprecher Prof. Dr. Ingo Ebersberger
Ort Biologicum - Bio -1.203 (Hörsaal 2)
Datum 08.05.2019 @ 15:00
Beschreibung ..., Zeit-kontinuierliche Markov-Kette, Ratenmatrix Q, Häufigkeitsvektor PI, Veränderungswahrscheinlichkeit, Jukes Cantor Modell, Substitutionsmodelle für DNA Sequenzevolution
Molekulare Methoden (Datenursprung)
Untertitel Was muss ich bei einer typischen bioinformatischen Analyse beachten?, Das Bestiarium molekularer Methoden, Wie sequenzieren wir DNA?, Amplifikation von DNA Molekülen, Polymerase Chain Reaction, Dye-Terminator Methode, Shotgun Sequenzierung, ...
Sprecher Prof. Dr. Ingo Ebersberger
Ort Biologicum - Bio -1.203 (Hörsaal 2)
Datum 24.04.2019 @ 15:00
Beschreibung ..., Sanger Sequenzierung in a Nutshell, 2-nd Generation Sequencing, Sequenzierung durch DNA-Synthese, Sequencing By Synthesis, Sequenzreads im FASTQ Format, Minimum Information Standards
Organisatorisches, Was ist Bioinformatik?, Molekulare Grundlagen
Untertitel Übungen, Literatur, Analyse von Proteinen, Genomsequenzierung, Rekonstruktion des Metabolismus, DNA als Doppelhelix, Zentrales Dogma der Molekularbiologie, Replikationsprozesse, Transkription, Was ist ein Gen?, RNA, Intron/Exon, Translation, ...
